L’intervento di recupero dei vastissimi scantinati del complesso, iniziato nel 1998 per esigenze tecniche (rifacimento di impianti vetusti come fognature, gas, impianti elettrici e idrici), ha reso evidente fin dalle sue prime fasi come tali ambienti, rivelatisi altamente suggestivi dopo il restauro, possano essere gradatamente inclusi in un percorso espositivo di ampio respiro e di straordinaria articolazione.

E’ emersa inoltre la volontà, condivisa da tutti gli Enti interessati (Basilica, Biblioteca, Cappelle Medicee) di ricostituire l’unità del Complesso.
Di conseguenza negli ultimi anni gli interventi dell’Opera Medicea Laurenziana, che fino allora venivano attuati secondo la contingenza del momento, sono stati inquadrati in un piano organico per la graduale realizzazione del progetto di integrale recupero del monumento e di creazione di un unico percorso espositivo comprendente la Basilica, gli annessi monumentali, la Biblioteca Medicea Laurenziana e le Cappelle Medicee.
Al recupero degli ambienti si affianca il recupero e restauro, già in corso, di oggetti, arredi, suppellettili e opere d’arte reperite nella sgombero degli scantinati e di altri locali del complesso, conservati in magazzini o disseminati altrove, in quantità e qualità tale da imporre l’esigenza di un enorme ampliamento delle zone espositive. Tra questi l’inaspettato rinvenimento, in pozzi e cisterne colme di detriti, di una notevole quantità di ceramiche e terrecotte decorate databili dal XIV° al XVIII° secolo che, benchè in frammenti, sono state già in parte riassemblate rivelandosi di alto pregio artistico e storico.

Il progetto generale prevede, oltre all’apertura al pubblico di nuovi ambienti di esposizione, l’allestimento di altri locali per l’esposizione di disegni, progetti e modelli relativi al Complesso Laurenziano, e di fotografie, video e ricostruzioni (reali e virtuali) delle parti “segrete” del complesso che per la loro collocazione non potranno essere mai accessibili al pubblico (lanterne delle cupole, sottotetti, camminamenti esterni sui tetti e simili) ma che offrono scorci e vedute del monumento e della città del tutto inconsueti e suggestivi.

Sono infine previsti i servizi accessori opportuni per una migliore accoglienza dei visitatori come bagni, zone di riposo e ristoro, bookshop, postazioni multimediali e simili.

La completa realizzazione del progetto generale, che donerà alla città e al mondo una nuova straordinaria attrattiva, è legata alle disponibilità finanziarie dell’OML , della Parrocchia e al contributo degli sponsor. E’ ultimato il restauro dei camminamenti perimetrali degli scantinati sottostanti i due chiostri, di alcuni ampi vani seminterrati (degli oltre 40 disponibili) e della tomba di Cosimo il Vecchio (opera del Verrocchio), della Cappella del SS.Sacramento sottostante la Sagrestia Vecchia, destinata ad accogliere il primo nucleo del nuovo “Museo dell’Opera Medicea Laurenziana” per l’esposizione di oggetti e arredi di pregevole valore artistico attualmente contenuti in inaccessibili magazzini o dispersi in altre collocazioni.(con imminente apertura al pubblico), e della  Cappella delle Sacre Stimmate di San Francesco sottostante la Sagrestia Nuova,

Altri restauri in corso o di imminente inizio sono:
1) Recupero degli scantinati, con proseguimento del restauro dei locali sottostanti i chiostri e graduale apertura al pubblico, compresa realizzazione dei servizi accessori (postazione multimediale, bagni, caffetteria, ecc.)
2) Ricomposizione e restauro delle ceramiche e terrecotte rinvenute in pozzi e cisterne
3) Inventariazione e restauro di suppellettili e arredi, tessuti ed opere d’arte contenuti nei magazzini, e recupero degli oggetti di pertinenza del Complesso Laurenziano attualmente dispersi in varie collocazioni cittadine
4) Progettazione e realizzazione di vetrine espositive idonee
5) “Progetto Medici” per l’esumazione delle salme dei Medici, studio anatomico dei resti, restauro ed esposizione dei corredi funebri rinvenuti nelle tombe (abiti, gioielli, armi, accessori)
6) Restauro (in corso) dei finestroni del Salone di Michelangelo della Biblioteca
7) Indagini e scavi per il reperimento dei resti archeologici sottostanti l’attuale complesso, tra i quali fondazioni di epoca romana e medievali, tracce della prima chiesa di San Lorenzo fondata nel 393 d.C. e della Basilica tardomedievale (XI° sec.)
8) Interventi urgenti di salvaguardia, programmati ma non realizzabili in tempi brevi in mancanza di adeguati finanziamenti, come il restauro e consolidamento di parti esterne (in particolare in pietra, in fase di progressivo sfaldamento) quali cornici di finestre, ricorsi e modanature delle cupole, della Basilica e del campanile settecentesco.